Związek między Microdeletion i Microduplication na 16p11.2 i Autyzm ad

Platforma ta oferuje nie tylko sondy polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (SNP), ale także gęstą kolekcję niezmiennych sond SNP, które łączą się, aby umożliwić wykrywanie zmian liczby kopii. W tym badaniu opisujemy technikę badań przesiewowych powtarzających się autosomalnych wariantów liczby kopii, które mogą wpływać na podatność na autyzm, wraz z dalszą analizą klinicznych danych z badań genetycznych przeprowadzonych przez Children s Hospital Boston oraz dużą próbkę populacji z Islandii (badanie na deCODE Genetyka). Metody
Projekt badania
Tabela 1. Tabela 1. Wykrywanie 16 p11.2 Wariant liczby kopii według próbki. Próbki i metody, które wykorzystaliśmy, zestawiono w tabeli 1. Szczegółowe materiały i metody opisujące kolekcje próbek i metody analizy liczby kopii (procedura oceny polimorfizmu liczby kopii [COPPER] i algorytmy Birdseye) są dostępne w Dodatku uzupełniającym, dostępnym z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org. Te nowe metody mają dobrą moc do wykrywania delecji obejmujących co najmniej 10 sond (około 30 kb) na platformie Affymetrix 5.0. Przebadaliśmy próbki AGRE tylko od osób bez znanych anomalii chromosomowych, zespołu łamliwego chromosomu X i innych utrwalonych syndromów.
Badanie zostało zatwierdzone przez komisje do spraw kontroli instytucjonalnej w Massachusetts Institute of Technology (dla próbek AGRE) i Children s Hospital Boston (dla próbek szpitala dziecięcego) oraz przez organ ochrony danych i krajowy komitet bioetyczny Islandii (dla próbek deCODE) . Pisemną świadomą zgodę uzyskano od wszystkich podmiotów w badaniach AGRE i deCODE. Szpital Dziecięcy w Bostonie przeprowadził porównawczą hybrydyzację genomową do celów diagnostyki klinicznej; ponieważ wyniki były anonimowe i uzyskane w wyniku przeglądu mapy, zgodna z badaniami zgoda na badania nie była wymagana przez instytucjonalną komisję odwoławczą, która zatwierdziła badanie.
Wyniki
Nieprawidłowości w liczbie kopii
Aby wykryć powtarzające się delecje lub duplikacje wiążące się z ryzykiem autyzmu w wielu rodzinach, użyliśmy algorytmu COPPER do zidentyfikowania regionów, w których u trzech lub więcej pacjentów z autyzmem zachodzą na siebie nieprawidłowości w liczbie kopii (lub genomowym dawkowaniu ) – to znaczy, patrzyliśmy dla regionów, które miały mniej lub więcej niż dwie kopie genomowe. Aby upewnić się, że te regiony nie są miejscami o typowym polimorfizmie liczby kopii, skupiliśmy się na regionach, które były wariantowe w mniej niż 1% rodziców osób z autyzmem. Dla każdego zdarzenia przewidzianego przez MIEDŹ i spełniającego te kryteria, użyliśmy wzrokowej inspekcji danych o intensywności, czy to samo zdarzenie zostało przewidziane w Birdseye, oraz analiza dziedziczenia mendlowskiego, aby ocenić nasze zaufanie do obserwacji.
Zidentyfikowaliśmy 32 regiony o wysokim poziomie ufności i 15 regionów o niższej ufności, a wszystkie z wyjątkiem jednego z tych regionów wydają się zazwyczaj segregować warianty. Z tych regionów 16 (w tym 8 z dużą pewnością) miało co najmniej jedno zdarzenie de novo, w którym oboje rodzice byli negatywni w stosunku do wariantu liczby kopii, co sugeruje możliwość nawrotowej mutacji. Chociaż większość z tych wariantów nie kosegregowała z autyzmem (i prawdopodobnie stanowią rzadkie, neutralne odmiany liczby kopii), jeden region wyróżniał się wieloma zdarzeniami de novo i brakiem zdarzeń odziedziczonych.
Mikrodelecja na chromosomie 16p11.2
Region na chromosomie 16p11.2 (ze współrzędnych gen. 29,5 Mb do 30,1 Mb) był wyjątkowy w naszych danych
[hasła pokrewne: dyżury aptek biłgoraj, endometrioza co to za choroba, wkładki supinujące dla dorosłych ]

Powiązane tematy z artykułem: dyżury aptek biłgoraj endometrioza co to za choroba wkładki supinujące dla dorosłych